Η διάκριση ανάμεσα σε μουσουλμάνους και μη μουσουλμάνους αποτέλεσε θεμέλιο της κοινωνικής οργάνωσης στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Η επίσημη πολιτική συνδύαζε την ανοχή με τη θεσμική κατωτερότητα των μη μουσουλμάνων, η οποία εκφραζόταν με συμβολικούς και υλικούς τρόπους. Στη μουσουλμανική παράδοση, ο ιουδαϊσμός κι ο χριστιανισμός θεωρούνται ατελείς της μίας και μοναδικής «φυσικής» θρησκείας, του ισλάμ. Αυτή η παραδοχή υπήρξε η βάση για τη διαμόρφωση ενός πλαισίου ανοχής των χριστιανών και των εβραίων ως υπηκόων του Αραβικού Χαλιφάτου, που τελικά επεκτάθηκε και στους πιστούς άλλων θρησκειών κι αποτέλεσε το πρότυπο για την αντιμετώπιση των αλλόθρησκων σε όλα τα προνεωτερικά μουσουλμανικά κράτη. Στα χριστιανικά κράτη, αντίθετα, επικράτησε από νωρίς η λογική της θρησκευτικής ομοιογένειας και προωθήθηκε ενεργά ο εκχριστιανισμός των υπηκόων.
Εβραίοι και χριστιανοί διεκδικούσαν συχνά τα ίδια προνόμια καθώς και τη σε βάρος των αλλόθρησκων βελτίωση της θέσης τους και του κύρους τους στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Στις συνθήκες αυτές, ο πρώιμος προπαρασκευαστικός της εθνικής συγκρότησης λόγος, δεν μπορούσε παρά να είναι έντονα αντιεβραϊκός. Το πλέον σύνηθες παράδειγμα σε αυτό το πεδίο είναι οι Διδαχές του Κοσμά του Αιτωλού, όπου τα επιχειρήματα κατά των Εβραίων παρουσιάζονται συγκροτημένα, επεξεργασμένα, λειτουργικά.
Αν και η ελληνική ιστοριογραφία επιλεκτικά συγκρατεί και αναδεικνύει τη κακομεταχείριση του σώματος του νεκρού Πατριάρχη από τον εβραϊκό όχλο της Πόλης, λησμονώντας το πογκρόμ που οι Ορθόδοξοι της Οδησσού με την πλήρη υποστήριξη των Αρχών, επεφύλαξαν στους Εβρσίους της πόλης λίγο αργότερα, η πορεία της εθνικής συγκρότησης περνά μέσα από την περίπου αυτονόητη θανάτωση των εβραϊκών πληθυσμών όπου η επανάσταση κυριαρχεί. Εύγλωττή είναι η αποτύπωση του ποιος μπορεί να είναι Έλληνας πολίτης, από τον Κοραή στα σχόλιά του για το Προσωρινό Πολίτευμα του 1822: Έλληνας πολίτης είναι ο Χριστιανός «κατά το παρόν» και αυτός ο χρονικός προσδιορισμός ίσως είναι το μέγιστο που μπόρεσε να συνεισφέρει ο νεοελληνικός Διαφωτισμός. Φωτεινή εξαίρεση, ο Ρήγας Φεραίος, ο οποίος οραματίζεται τη Βαλκανική Ομοσπονδία ως ένα ενιαίο κράτος ισοτιμίας και ισονομίας, με φυλετική και θρησκευτική ανοχή και κοινωνική δικαιοσύνη όπου χριστιανοί, μουσουλμάνοι και Εβραίοι θα συμβιώνουν ειρηνικά.
Ο επαναστατικός αγώνας των Ελλήνων αποτέλεσε το πρώτο πλαίσιο κατά το οποίο –στην υπό συγκρότηση ελληνική επικράτεια– ξέσπασαν αντιεβραϊκές ακρότητες, που οδήγησαν στο ξεκλήρισμα όλων των εβραϊκών κοινοτήτων της Πελοποννήσου.
Ο στρατηγός Μακρυγιάννης αναφέρει στα απομνημονεύματά του ότι οι Τούρκοι έβριζαν τους Έλληνες πολεμιστές, λέγοντάς τους «άναντρους κι’ Οβραίους». Μια παρόμοια αναπαράσταση για τον «δειλό Εβραίο» και μάλιστα ανεκδοτολογικού χαρακτήρα αφηγείται ο Κολοκοτρώνης στα απομνημονεύματα του, κάνοντας λόγο για τον πιο πλούσιο Εβραίο της Τριπολιτσάς, που –ενόψει της κατάληψης της πόλης από τους Έλληνες– απευθύνεται στον Κολοκοτρώνη, για να διαπραγματευθεί τη διαφυγή και τη σωτηρία του. Ο εν λόγω Εβραίος φορούσε στη μέση ένα ζευγάρι χρυσές διαμαντοστόλιστες πιστόλες, που του τις άρπαξε ο Κολοκοτρώνης, σχολιάζοντας: «Μπα (…) Οβριός κι αρματωμένος δεν γίνεται!». Στη συνέχεια ο Κολοκοτρώνης φαίνεται να υποσχέθηκε στον Εβραίο τη σωτηρία της ζωής του και της οικογένειάς του αντί του αντίτιμου των 400.000 πιάστρων, που αντιστοιχούσε σε 266.000 γαλλικά φράγκα.
Και αν η εξόντωση των Εβραίων της Τριπολιτσάς δεν αρκεί για να στηρίξει το τι μέλλον επεφύλασσε η επανάσταση για τους Εβραίους, η περίπτωση του Βραχωρίου (Αγρινίου) δεν αφήνει καμία αμφιβολία. Η πόλη παραδίδεται με συνθήκη, ο μουσουλμανικός πληθυσμός της διασώζεται, δε συμβαίνει όμως το ίδιο με τους Εβραίους της πόλης, οι οποίοι εξοντώνονται στο όνομα κάποιων αόριστων αντιποίνων και κατηγοριών για συνεργασία με τους Οθωμανούς. Οι συμφωνίες δεν συμπεριελάμβαναν ανθρώπους των οποίων η θρησκεία αποτελούσε βρισιά τόσο για τους χριστιανούς, όσο και για τους μουσουλμάνους.
Για τη κατανόηση της στάσης της Ελληνικής Επανάστασης απέναντι στο εβραϊκό στοιχείο δύο είναι οι έννοιες-κλειδιά: η ασφαλής πεποίθηση και η δικαίωση. Η ασφαλής πεποίθηση των Ελλήνων εκκινεί από τις στερεοτυπικές αντιλήψεις περί δολιότητας, εχθρικότητας και μίσους των Εβραίων εναντίον των Ελλήνων. Τα χαρακτηριστικά αυτά που αποδόθηκαν στους Εβραίους, προσλαμβάνονταν ως εγγενείς, ουσιοκρατικές και αμετάβλητες ποιότητες του χαρακτήρα τους και στο συλλογικό φαντασιακό των Ελλήνων αποτέλεσαν το στεγανό ερμηνευτικό πλαίσιο για τα πεπραγμένα των Εβραίων.
Ένα πολύ ενδιαφέρον ερώτημα είναι κατά πόσο οι αρνητικές αναπαραστάσεις για τους Εβραίους που συνόδευσαν την ίδρυση του Ελληνικού κράτους συνδέονται με τα μεταγενέστερα αντιεβραϊκά γεγονότα που έλαβαν χώρα στην πορεία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους το 1891 και το 1931. Η διερεύνηση της αντίδρασης των ίδιων των Εβραίων στο σύνολο αυτών των ελληνικών κατηγοριών για τον ρόλο που διαδραμάτισαν στην επανάσταση, θα φώτιζε ζητήματα ανάπτυξης στρατηγικών άμυνας και αυτο-υπεράσπισης μειονοτήτων και ζητήματα δημιουργίας ισχυρότερων δεσμών της εσω-ομάδας.
Τέλος, η επακριβής διερεύνηση πτυχών που αφορά τον καθημερινό βίο των Εβραίων στις εβραϊκές κοινότητες της Πελοποννήσου πριν την επανάσταση και ζητήματα οικονομικών, κοινωνικών και πολιτισμικών διακοινοτικών σχέσεων θα βοηθούσε στη βαθύτερη κατανόηση των αιτίων εκείνων που όπλισαν τα χέρια των Ελλήνων επαναστατών με το ίδιο (αν όχι μεγαλύτερο) μίσος απέναντι στους Εβραίους, πέρα από το μονομερές και μονίμως επαναλαμβανόμενο επιχείρημα της μουσουλμανοεβραϊκής συνεργασίας κατά την ελληνική επανάσταση. Η ενασχόληση με τέτοιου είδους ερευνητικά ερωτήματα –αν μη τι άλλο– θα αναδείκνυε την πολυπλοκότητα των ζητημάτων που αφορούν διακοινοτικές σχέσεις, κοινωνικές κατασκευές και πολιτισμικές αναπαραστάσεις μέσα από το πρίσμα της ποικιλόμορφης συγγραφικής δημιουργία.
